台湾智慧财产局订定「专利审查基准第二篇发明专利实体审查第十二章中草药相关发明」，并自2008年1月17日起生效。

    审查基准就中草药相关发明之申请标的而言，一般可分为：

    1. 物之发明：中草药组成物、中草药萃取物、中草药剂型、含有中草药之饮食品或化妆品、含有中草药之药用材料、含有中草药之医疗器材或装置；

    2. 方法发明：中草药之制备方法、中草药之萃取方法、中草药之炮制方法、中草药剂型之制备方法、含有中草药之饮食品或化妆品之制备方法、含有中草药之药用材料之制备方法、含有中草药之医疗器材或装置之制备方法、中草药之质量监控方法；

    3. 用途发明：中草药之医疗用途、中草药之非医疗用途。

    关于发明之记载方式，一般以化学物质为活性成分之西药发明必须具有化学名称、构造式或特定之物理化学性质，但「中草药」之有效成分通常并非单一化合物或其组成物，而系含有复合成分且其成分常为不明。因此，关于中草药成分之表示，尤其是其中有效成分不明，无法仅以指纹图谱或物理化学性质界定者，常以制法限定物质（product by process）之方式界定申请专利范围，藉由记载原料药材之种类及配比、制备方法之操作步骤及参数条件等，并以具体数据或数据证实所请功效或用途。

    又，中草药之疗效除可以体外试验、动物试验或临床试验等西医治疗之方式证明，亦可以中医治疗之「证」或「病」方式说明其疗效，但应同时提出足以推论或证明其疗效之相当例证。

    关于专利要件，该审查基准亦针对中草药相关发明提出：在产业利用性上，必须指明产物之用途、毒性及药材用量；在新颖性上，说明有关口耳相传之验方、固有方剂之组分的加减或替代、萃取物发明、使用部位不同、用途发明以及中西医病名之新颖性判断方式；以及在进步性上，说明对于固有方剂之加减或替代、选择发明、用途发明之进步性判断方式。